Trong khu vực mỗi nước lại đặt cho biển một cái tên khác nhau. Người Nhật gọi là Nihon-kai (Kanji: 日本海, Hán Việt: Nhật Bản Hải]), có nghĩa là "biển Nhật Bản"; người Hàn Quốc gọi là Donghae (Hangeul: 동해, Hanja: 東海, Hán-Việt: Đông Hải); Bắc Triều Tiên thì sử dụng tên gọi là Chosŏn Tonghae (Chosŏn'gŭl: 조선동해, Hanja: 朝鮮東海, Hán-Việt: Triều Tiên Đông Hải); Nga sử dụng tên biển Nhật Bản (Япо́нское мо́ре Yapónskoye móre). Chính phủ Bắc Triều Tiên cũng như Hàn Quốc lập luận rằng, cái tên "biển Nhật Bản" bắt nguồn từ thời kì đô hộ của Nhật. Theo họ, tên "biển Đông" ít ra cũng nên được đối xử ngang hàng.

Hiện nay, 97,2% các bản đồ quốc tế và các văn bản chỉ sử dụng tên gọi Biển Nhật Bản [1], số còn lại chủ yếu dùng cả tên Biển Nhật Bản và Biển Đông, thường với Biển Đông được liệt kê trong dấu ngoặc đơn hoặc được đánh dấu là một tên thứ cấp. Hoa Kỳ, Trung Quốc và Việt Nam và hầu hết các nước chỉ sử dụng tên gọi là biển Nhật Bản. Liên Hiệp Quốc cũng sử dụng tên gọi biển Nhật Bản[2]